凈宗十三祖，是經宋元明的逐漸推選而形成的。

凈宗立祖之說始于宋代，南宋宗曉法師（1151一1214年）立蓮社六祖（未立宗）。以慧遠為蓮社始祖，善導、法照、少康、省常、宗賾(zé)五人繼之。云：“蓮社之立，既以遠公為始祖……繼此道者乃有五師，一曰善導師，二曰法照師，三曰少康師，四曰省常師、五曰宗賾(zé)師、是五師者，莫不仰體佛慈，大啟度門，異世同轍，皆眾良導?！?/p>

凈宗初祖廬山東林慧遠大師、凈宗二祖長安光明善導大師、凈宗三祖南岳般舟承遠大師、凈宗四祖五臺竹林法照大師、凈宗五祖新定烏龍少康大師、凈宗六祖杭州永明延壽大師、凈宗七祖杭州昭慶省常大師、凈宗八祖杭州云棲蓮池大師、凈宗九祖北天目靈峰蕅益大師、凈宗十祖虞山普仁截流大師、凈宗十一祖杭州梵天省庵大師、凈宗十二祖紅螺資福徹悟大師、凈宗十三祖蘇州靈巖印光大師。

宋代的志磐法師在《佛祖統記》中，除專敘天臺宗以外，兼及禪宗、華嚴、法相、密宗、律宗五宗。凈土不立宗而以慧遠、善導、承遠、法照、少康、延壽、省常為蓮社七祖。宗曉、志磐（pán）同是天臺宗的學者，宗曉立蓮社六祖，志磐立七祖（志磐在宗曉的排名基礎上，略有刪增，刪除宗賾，增加承遠與永明延壽，后人排列大致依志磐所述），這種排名只是為凈土教提供師法楷模而已。當時還沒有凈土宗的稱謂。

元朝東林寺普度法師，因為當時白蓮教假借佛教別有作用，于是撰（zhuàn）《蓮宗寶鑒》十卷，又著《廬山復教集》一卷，而自稱白蓮宗，但是卻無定祖之說，僅在他的奏文上敘及宋高宗時子元禪師提倡念佛，撰有白蓮懺法，并入內庭講念佛大旨。自此以后，凈土宗這個名稱才得以通行，而定祖之說尚未確定。

到了清朝中葉，才將宗曉、志磐的蓮社七祖和凈土宗的名稱相提并論，增加了明代的蓮池大師為八祖。清道光間，悟開法師增推蕅益大師為九祖，省庵大師為十祖，徹悟大師為十一祖。民國年間，印光大師又改推截流大師為十祖，省庵大師、徹悟大師遞降為十一祖、十二祖。印光大師往生后，四眾弟子加推其為十三祖。這樣，凈宗十三祖的譜系方告圓成。